Diagnostyka Glut1 DS opiera się o 3 główny kryteria:

• charakterystyczne cechy kliniczne
• nakłucie lędźwiowe: obniżone stężenie glukozy w płynie mózgowo-rdzeniowym (zazwyczaj <40 mg/dl przy prawidłowej glikemii we krwi; u pacjentów opisywane są wartości od 16,2 do 50,5 mg/dl, a w łagodniejszych postaciach choroby 41-52 mg/dl)
• mutacje w genie SLC2A1 (głównie de novo; jednak brak potwierdzenia genetycznego nie wyklucza Glut1DS)

Trwają prace nad badaniem mniej inwazyjnym niż punkcja lędźwiowa, które polega na badaniu krwi określającym ilościowo białko Glut1 na powierzchni erytrocytów. Test METAGlut1 wykazał 80% czułość i wysoką >99% swoistość w rozpoznawaniu choroby. Badanie opracowywane jest przez francuskich naukowców.